O sintoma característico da deficiência de cálcio se inicia com a flacidez dos tecidos da extremidade dos frutos, que evolui para uma necrose deprimida, seca e negra. O sintoma é conhecido como podridão estilar ou "fundo-preto". Em condições em que ocorre períodos curtos de deficiência, principalmente quando ocorre mudanças bruscas de condições climáticas, observam-se tecidos necrosados no interior dos frutos, cujo sintoma é conhecido como coração preto. Eventualmente verificam-se, em condições de campo, deformações das folhas novas e morte dos pontos de crescimento.
Geralmente, qualquer fator que diminua o suprimento de cálcio ou interfira na sua translocação para o fruto pode provocar deficiência. Assim, fatores como irregularidade no fornecimento de água, altos níveis de salinidade, uso de cultivares sensíveis, altos teores de nitrogênio, enxofre, magnésio, potássio, cloro e sódio na solução do solo, pH baixo, utilização de altas doses de adubos potássicos e nitrogenados, principalmente as fórmulas amoniacais, e altas taxas de crescimento e transpiração contribuem para o aparecimento do sintoma.
Previne-se a deficiência de cálcio com a aplicação adequada de corretivos e com a adoção de um manejo eficiente da irrigação, evitando que a planta sofra estresse hídrico, principalmente nas fases de florescimento e crescimento dos frutos.
Sob condições de falta de água, as plantas emitem mais raízes. Esse recurso biológico pode ser usado para regularizar a absorção de água e, consequentemente, promover um fornecimento de cálcio mais constante ao tomateiro. Na prática, promove-se um estresse hídrico suave durante o estádio de pré-floração, estando úmida a camada subsuperficial do solo. Para isso, após o desbaste ou após o pegamento das mudas (10 a 15 dias após o transplante), faz-se uma irrigação pesada (em torno de 25 mm) e somente se reinicia a irrigação depois de 5 a 7 dias, dependendo das condições climáticas e da drenagem do solo. Para evitar déficit excessivo de água, deve-se observar a turgescência das plantas, que não devem apresentar murcha nos períodos mais frescos do dia (período matutino).
A correção da deficiência é feita com pulverização foliar de cloreto de cálcio a 0,6%, dirigida às inflorescências.